Написана на Perl и использует m4

Сложно разобраться в конфигах, сложно адаптировать какой-нибудь полузаброшенный проект к современным или наоборот, специфичным системам

Гадит в прямов корень каталога с проектом (ещё терпимо) (говорят, configure можно вызвать из каталога с исходниками. А можно ли вызвать так autoreconf?)

Скрипт configure имеет большие размеры и медленно работает (терпимо)

ну эта мерзость, вопреки декларируемым целям, является источником НЕпереносимостей: мало того, что сами эти хреновины представляют собой лишнюю внешнюю зависимость, так ещё и шибко умные авторы программ то и дело в ./configure засовывают команды, которых в системе при сборке не оказывается. http://stolyarov.info/guestbook/archive/8/#cmt466

http://stolyarov.info/guestbook/archive/8/#cmt491