Название подкорректировать. Имеются ввиду системы, пытающиеся разруливать зависимости от библиотек автоматически.

• Написана на Perl и использует m4
• Сложно разобраться в конфигах, сложно адаптировать какой-нибудь полузаброшенный проект к современным или наоборот, специфичным системам
• Гадит в прямов корень каталога с проектом (ещё терпимо) (говорят, configure можно вызвать из каталога с исходниками. А можно ли вызвать так autoreconf?)
• Скрипт configure имеет большие размеры и медленно работает (терпимо)
• ну эта мерзость, вопреки декларируемым целям, является источником НЕпереносимостей: мало того, что сами эти хреновины представляют собой лишнюю внешнюю зависимость, так ещё и шибко умные авторы программ то и дело в ./configure засовывают команды, которых в системе при сборке не оказывается. http://stolyarov.info/guestbook/archive/8/#cmt466
• http://stolyarov.info/guestbook/archive/8/#cmt491

Необработанные источники:

• http://web.archive.org/web/20190706015735/http://voices.canonical.com/jussi.pakkanen/2011/09/13/autotools/
• https://umonkey.net/blog/157/?ysclid=lzjnkkiotu174322003
• http://suckless.org/faq/