Написана на Perl

Сложно разобраться в конфигах, сложно адаптировать какой-нибудь полузаброшенный проект к современным или наоборот, специфичным системам

Гадит в прямов корень каталога с проектом (ещё терпимо) (говорят, configure можно вызвать из каталога с исходниками. А можно ли вызвать так autoreconf?)

Скрипт configure имеет большие размеры и медленно работает (терпимо)